Fast optimization of statistical potentials for structurally constrained phylogenetic models
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
Statistical potentials for improved structurally constrained evolutionary models.
Assessing the influence of three-dimensional protein structure on sequence evolution is a difficult task, mainly because of the assumption of independence between sites required by probabilistic phylogenetic methods. Recently, models that include an explicit treatment of protein structure and site interdependencies have been developed: a statistical potential (an energy-like scoring system for ...
متن کاملdiagnostic and developmental potentials of dynamic assessment for writing skill
این پایان نامه بدنبال بررسی کاربرد ارزیابی مستمر در یک محیط یادگیری زبان دوم از طریق طرح چهار سوال تحقیق زیر بود: (1) درک توانایی های فراگیران زمانیکه که از طریق برآورد عملکرد مستقل آنها امکان پذیر نباشد اما در طول جلسات ارزیابی مستمر مشخص شوند; (2) امکان تقویت توانایی های فراگیران از طریق ارزیابی مستمر; (3) سودمندی ارزیابی مستمر در هدایت آموزش فردی به سمتی که به منطقه ی تقریبی رشد افراد حساس ا...
15 صفحه اولsolution of security constrained unit commitment problem by a new multi-objective optimization method
چکیده-پخش بار بهینه به عنوان یکی از ابزار زیر بنایی برای تحلیل سیستم های قدرت پیچیده ،برای مدت طولانی مورد بررسی قرار گرفته است.پخش بار بهینه توابع هدف یک سیستم قدرت از جمله تابع هزینه سوخت ،آلودگی ،تلفات را بهینه می کند،و هم زمان قیود سیستم قدرت را نیز برآورده می کند.در کلی ترین حالتopf یک مساله بهینه سازی غیر خطی ،غیر محدب،مقیاس بزرگ،و ایستا می باشد که می تواند شامل متغیرهای کنترلی پیوسته و گ...
Speed-Constrained Tuning for Statistical Machine Translation Using Bayesian Optimization
We address the problem of automatically finding the parameters of a statistical machine translation system that maximize BLEU scores while ensuring that decoding speed exceeds a minimum value. We propose the use of Bayesian Optimization to efficiently tune the speed-related decoding parameters by easily incorporating speed as a noisy constraint function. The obtained parameter values are guaran...
متن کاملFast Optimization for Mixture Prior Models
We consider the minimization of a smooth convex function regularized by the mixture of prior models. This problem is generally difficult to solve even each simpler regularization problem is easy. In this paper, we present two algorithms to effectively solve it. First, the original problem is decomposed into multiple simpler subproblems. Then, these subproblems are efficiently solved by existing...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: BMC Evolutionary Biology
سال: 2009
ISSN: 1471-2148
DOI: 10.1186/1471-2148-9-227